Док = Документы.Заказ.СоздатьДокумент();
Док.Дата = ТекущаяДата();                        Док.УстановитьНовыйНомер();

Почему генерируется новый код который уже есть в базе?

(0) Посмотри в подписке на события нет обработчика перенаправляющего.

(1) Нет ничего

пипец, не в какую не хочет новый номер делать...
Даже когда просто создаю документ присваивает уже используемый номер

(0) обычно после записи номер присваивался....

(3) у 8.1 и 8.2 разное поведение
и зависит оно как от настроек самого документа, так и от свойств конфигурации

В документе стоит "Автонумерация".
(4) убрал Док.УстановитьНовыйНомер();
Пытается записать документ с номером - 0.
(5) от каких конкретно настроек?

(6) освобождать номера у конфы в корне смотрел ?
нумерацию восстанавливал ?

(0) Попробуй Док.УстановитьНовыйНомер("0")

У меня похожая проблема в ЗУПе - задваивались табельные номера сотрудников. Но не постоянно, а временами, так и не нашел почему, написал job в SQL, для перенумерации задвоенных

(8) не помогло
(7) освобождать номера стоит
Как восстановить номинацию?