Надо удалить запись в периодическом реквизите программно, причем не удаляя и не отменяя проведение того самого документа, который породил ее (ну вот так получилось - в процессе развития...).
Что лучше сделать?

переходите на 8-ку.
Там это реализовано.

(0) удалить из таблицы базы напрямую...

(1) вот прямо счас и начну:D)
(2) это единственный вариант?:((

А где этот реквизит то? в реестре?

(3) ну можно еще как вариант переписать модуль проведения документа...

+(5)... и перепровести его после этого

(6) вот этого-то очень не хочется:(( там много чего цепляется, что уже лучше не трогать.
Но, раз без костылей никак - тогда придется.

думается что либо только прямое удаление из таблицы либо переписывание модуля проведения и само перепроведение

тоесть нужный флаг у реквизита поставить в конфе

Эээхх.. Пита на вас нет.
Это его любимый вопрос.
Ну, если подумать, как "прибить периодику документа" не лезя ручонками в 1сконст - то проще пареной репки.

особенно подумать над тем, где и как используется эта периодика и какое значение берётся, если она несколько значений имеет в одном дне

(10) Поставить флажок "Ручное изменение" у реквизита справочника

(11) как я понял по задействуется ли в периодическом реквизите справочника время, или только дата?, время в периодике не учитывается - значит, в случае нескольких значений на одну дату, берется тупо последняя записанная?
(12) он и так стоит - но править ручками можно только те записи, что созданы не документами

(непосредственную саму задачу уже решил: закомментил все резкие движения в процедурах обработки проведения и удаления проведения, массово перепровел доки за нужный период - все, периодика очистилась и ничего вроде не пострадало.)

(14) пока не пострадало