пробую так

ВЫБРАТЬ
    СчетФактураВыданный.Ссылка,
    ЗначенияСвойствОбъектов.Свойство,
    ЗначенияСвойствОбъектов.Значение
ИЗ
    Документ.СчетФактураВыданный КАК СчетФактураВыданный
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ЗначенияСвойствОбъектов КАК ЗначенияСвойствОбъектов
        ПО СчетФактураВыданный.ДокументОснование.Ссылка = ЗначенияСвойствОбъектов.Объект.Ссылка
ГДЕ
    СчетФактураВыданный.Ссылка = &Ссылка

Думает секунд 5, если запустить СФ за месяц  ждал 20 минут так и не дождался. Как это провернуть нормально?

Это Зло СчетФактураВыданный.ДокументОснование.Ссылка = ЗначенияСвойствОбъектов.Объект.Ссылка

(1) как по другому? чтобы в запросе

Слева Зло, а справа косяк

(2) Переписать запрос.

Пригляделся: слева Зло+косяк

(2) убери ССЫЛКА - добавляет левых соединений неявно

(0) "ждал 20 минут" - это точно время выполнения запроса?
или ты всё-таки засунул этот запрос в цикл

(6) + если поле составное используй ВЫРАЗИТЬ

(6) спасибо.

На объект ОБЯЗАТЕЛЬНО выразить нужно.

(9) А тебе точно свойства документа основания нужны , а не самого счет-фактуры ?