На сервере 1С устанавливались программные лицензии, причем не одной пачкой, а небольшими пачками (по 5,10,20шт). Сейчас 20 лицензий куда-то отвалилось (на 20 пользователей меньше пускает). Как узнать сколько их всего доступно, какие из них отвалились? Обычный менеджер лицензий показывает только аппаратные лицензии.

http://catalog.mista.ru/public/188444/

Я её уже скачал, она показывает только количество занятых, это и в консоли кластеров видно. А сколько всего установлено, как узнать?

Я бы изучил ИТС и руками-глазами нашел все файлы лицензий

Готового такого менеджера, показывающего-ищущего программные лицензии, не встречал. Они же могут быть запрятаны в недрах сервера приложений, равно как и быть на клиентских ПК

Переактивируй по пину из конверта потерявшийся файл

(2) а точно каждый пользователь у вас запускает один сеанс? Может какие-то пользователи по несколько баз запускают?

(3) (4) Место расположение файлов *.lic известно, но что с ними делать, непонятно - внутри зашифровано, и к тому же есть файлы уже недействительные (например, при замене оборудования сервера лицензия слетала, вводился новый пинкод, появлялся новый файл).

(6) Один пользователь может работать в нескольких сеансах, занимает несколько лицензий, так и должно быть, я по этим сеансам и считаю. Сегодня максимально доступное кол-во сеансов стало на 20 меньше, чем вчера.

(0) так отправь вопрос на саппорт 1с.

(0) В природе нет, есть в 1с 8.3.8
http://downloads.v8.1c.ru/content//Platform/8_3_8_1479/1cv8upd.htm#5a3fed9c-6292-11e5-a3f7-0050569f678a

(10) Только предупреди, что Яву придется ставить )

"Сейчас 20 лицензий куда-то отвалилось (на 20 пользователей меньше пускает). Как узнать сколько их всего доступно, какие из них отвалились?"
Когда вылезло "Не обнаружено свободной лицензии" кнопку "Подробно" пробовали нажимать?