Есть суть доработки состоит в том что в процедуре просто закомментировано пару строчек в расширение нужно переносить всю процедуру с аннотацией &Вместо?

да

(0) Да, нужно скопировать код процедуры без лишних строк.

в расширении лучше так же комментить ибо потом не разберешь

ПродолжитьВызов(Отказ,Режим)
Хороший метод на такой случай

(4) то есть сделать аннотацию Вместо,скопировать код до закомментированной строчки и и вызывать ПродолжитьВызов?

(5) Нет, как оно поймет с какой строчки надо продолжить вызов? :)

(6) 3 параметром передается номер строки

(7) Что-то ты гонишь, Хрусталева с тобой не согласна ))

(8) ты отстал от жизни

(9) В документации к 8.3.12 ничего такого нет. Давай пруф.

(0)
я бы не стал так делать (ВМЕСТО): при обновлении типовой версии потом не увидишь их изменений. лучше поменять в типовом коде.

(11) "лучше поменять в типовом коде" // Без расширений что ли предлагаешь? )

(11)а как можно по другому поступить в этой ситуации?суть в том что все доработки нужно перенести в расширения, а конфигурацию вернуть в исходное положение  без изменений и доработок,другого выхода я не вижу поэтому и обратился на форум, может у расширений есть какие подводные камни для этой ситуации.

(13) Пока яйцо не разобьешь - не поймешь его качества. Это я к тому, что пока не начнешь переносить доработки - не выяснишь. Универсального рецепта нет.