Нужно 1 запросом получить все дубли контрагентов с их эталонами
сделал по физикам, но такой запрос вернет только 1 дубль:
"ВЫБРАТЬ
|    Контр.Ссылка,
|    Контрагенты.Ссылка КАК Ссылка2
|ИЗ
|    Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
|        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Контрагенты КАК Контр
|        ПО Контрагенты.Наименование = Контр.Наименование
|            И Контрагенты.Ссылка <> Контр.Ссылка
|ГДЕ
|    Контр.ЮрФизЛицо = &ФЛ"

"сделал по физикам" - вы мужского пола ?

(0) создай парочку дублей, прогони свой вопрос, а потом чеши репу )

*вопрос = запрос

есть универсальный запрос ?

(4) если никаких критериев выбора "эталонов" нет, то сначала надо сгруппировать по наименованию и взять МИН по ссылке. так ты получишь выборку эталонов. а потом уже соединяй, чтобы получить дубли

можно пример

сорри, лень

"ВЫБРАТЬ
|    МИНИМУМ(Контрагенты.Ссылка) КАК Ссылка,
|    Контрагенты.Наименование
|ПОМЕСТИТЬ ВТКонтр
|ИЗ
|    Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
|
|СГРУППИРОВАТЬ ПО
|    Контрагенты.Наименование
|;
|
|////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|ВЫБРАТЬ
|    Контрагенты.Ссылка,
|    ВТКонтр.Ссылка КАК Ссылка2
|ИЗ
|    ВТКонтр КАК ВТКонтр
|        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
|        ПО ВТКонтр.Ссылка <> Контрагенты.Ссылка
|            И ВТКонтр.Наименование = Контрагенты.Наименование"

так ?

ну, почти.. это тебе выведет всех контрагентов, не только с дублями

Выбрать Наименование,Количество(*) КАК Количество Поместить ВТ_Дубли ИЗ Справочник.Контрагенты
Сгруппировать По Наименование Имеющие Количество(*)>1
;
Выбрать Ссылка ИЗ Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты Внутреннее Соединение ВТ_Дубли ПО Контрагенты.Наименование = ВТ_Дубли.Наименование