При проведении делается проводка вместо счета Кт 90.01
Дт 62.01 - Кт 76.09

А счета в документе какие?

ПереданныеПринятыеБУ    ПереданныеПринятыеНУ    ПереданныеСобственныеБУ    ПереданныеСобственныеНУ    ПринятыеСчетУчетаБУ    ПринятыеСчетУчетаНУ
004.02    004.02    45.03    45.03    41.04    41.04
СчетДоходовБУ    СчетРасходовБУ
90.01.1    90.02.1

А что в табличных частях?
Странно... на какой то взаимозачет смахивает....

а разве в УПП счета учета расчетов с контрагентами может не быть ? не нашел

счета учета контрагентов нашел, но там все стандартно

УПП считает товар комиссионным

RomanYS ?

(7) такая проводка может быть при реализации комиссионного товара. Остальные проводки нормальные, есть проводка Дт90.02 Кт41?

да

90.02.1 - 41.04 реализация товаров

куда копать ?
как вернуть на Кт 90.01

(10) значит (6) мимо
(11) в 1с есть универсальный инструмент - отладчик
(2) это из табличной части?

(11) Статус списываемой партии какой? У Вас же вроде партионка была.

где смотреть?

купленный

Принятые, счет учета (БУ)    Счет учета (НУ)    Принятые счет учета (НУ)    Счет доходов (БУ)    Субконто (БУ)    Счет расходов (БУ)    Счет доходов (НУ)    Субконто (НУ)    Счет расходов (НУ)
41.04        41.04    90.01.1    Сопутствующие услуги_Продажа жилых помещений    90.02.1    90.01.1    Сопутствующие услуги_Продажа жилых помещений    90.02

это из таб. части счета, может с нми что-то не так

(16) Это из ТЧ документа или из регистра с настройками?

из тч

(17) тогда остался только отладчик

счета учета 41.04

в каком месте может возникать эта проводка ?

есть обработка коррекции проводок ?

дайте плиз ссылку для УПП 1.3

Еще раз - статус партии какой?

(25) см (15)

(24) крайне не рекомендую это делать.
Обработки есть в ИР.

(24) договор проверь, жестко договор с покупателем?

(21) Для номенклатуры, для группы справочника, для вида номенклатуры? Счет чему назначен?

(26) Ок, подслеповатый стал на старость.

счет учета 41.4, конечно, хитрый...
покажите счета учета именно этой номенклатуры, которую продаете?