Добрый день
уже третий месяц (третью выплату ЗП окончательный расчет) наблюдается какая-то хрень. Сначала 1 человеку выплачивалась ЗП без учета выплаченного ранее аванса, потом еще пару человек добавилось, в окончательном расчете за август уже десяток таких человек. Выплачивает без учета выплаты аванса.
Убило окончательно так это сумма взыскания в документах ведомость в банк. С каждым месяцем увеличивается. Или так и должно быть?

Мало информации.
Анализируйте регистр накопления: Зарплата к выплате (по док основанию)

https://yadi.sk/i/bXwlEXNKzg9sqg

Лучше скрин с записями регистра  по тому сотруднику.

https://yadi.sk/i/dkfHxeFkTVOwwg

(4) проверьте июньские документы и перепроведите их-у вас там не стоит код дохода-ни в ведомости, ни в начислении.
с 01.06 добавлен код вида дохода. Возможно вы обновили ПОСЛЕ начисления и выплаты июньской и не перезаполнили этот реквизит.
https://its.1c.ru/db/answers1c/content/1125/hdoc

(4) В дополнение к (5) , проверьте, чтобы статья расходов была заполнена (ОТ или другие варианты). Сейчас в документах ведомостей иногда желательно явно выбирать статью расходов (реквизит "Учтенные как").

проблема возникает в начислении за май. Аванс за май выдали в мае, а окончательный расчет прошел в июне. Уже во всех документах поправил вид дохода и статьи расходов.
как быть с маем??

В смысле окончательный расчет в июне? В документе начисление зарплаты поле Месяц что стоит?

(7) попробуйте документы начисления в ведомостях на выплаты указать и провести по новой

(8) зарплату за май выплатили 11.06.2020

(7)  в мае реквизит код дохода исполнительного производства ещё не использовался, а с 1-го июня стал обязательным. Соответственно начисления майские, в т.ч. аванс июньской зарплаты должны выплачиваться без этого кода, а начиная с июня и начисления и выплаты должны соответствовать по суммам и кодам друг другу.

Так были озвучены разъяснение, что во избежания проблемы следует _раньше_ обновления привести в порядок все выплаты и закрыть те периоды от изменений. Затем обновляться. Если перепроводить уже существующие документы с выплатами после обновления, то проблемы будут вылазить и раздражать, хотя видимых причин не было бы.