Проблема вызвана различием версий платформы 1С:Предприятие (или режимов совместимости конфигурации) между средой, в которой открыт конструктор запроса внутри хранилища, и средой, где запущена внешняя обработка.

Почему в хранилище ошибка, а во внешней обработке – нет
В хранилище (работа с конфигурацией, взятой из хранилища) используется определённая версия платформы и/или установлен режим совместимости конфигурации, например, «Версия 8.3.10» или «Не использовать». В этих версиях конструктор запроса строго проверяет синтаксис, и конструкция ПРЕДСТАВЛЕНИЕ(УНИКАЛЬНЫЙИДЕНТИФИКАТОР(...)) считается недопустимой, так как по документации ПРЕДСТАВЛЕНИЕ не работает со значением типа УникальныйИдентификатор.

Во внешней обработке она запущена на более новой платформе (например, 8.3.22 и выше) или в режиме совместимости, который допускает такое нестрогое использование (платформа неявно преобразует GUID в строку перед передачей в ПРЕДСТАВЛЕНИЕ). Поэтому конструктор открывается без ошибок, хотя синтаксис всё ещё не совсем корректен.

Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст=
"ВЫБРАТЬ
|    ПРЕДСТАВЛЕНИЕ(УНИКАЛЬНЫЙИДЕНТИФИКАТОР(РеализацияТоваровУслуг.Ссылка)) КАК Поле1
|ИЗ
|    Документ.РеализацияТоваровУслуг КАК РеализацияТоваровУслуг";

Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст=
"ВЫБРАТЬ
|    УНИКАЛЬНЫЙИДЕНТИФИКАТОР(РеализацияТоваровУслуг.Ссылка) КАК Ссылка_УИД
|ПОМЕСТИТЬ ВТ_Запрос
|ИЗ
|    Документ.РеализацияТоваровУслуг КАК РеализацияТоваровУслуг
|;
|
|////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|ВЫБРАТЬ
|    ПРЕДСТАВЛЕНИЕ(ВТ_Запрос.Ссылка_УИД) КАК Ссылка_УИДПредставление
|ИЗ
|    ВТ_Запрос КАК ВТ_Запрос";