я хз как там в НПЮЛ, но в сбис, например, так: просто выбирается нужная налоговая из списка, делается, отправляется, потом делаешь новый док, выбираешь другую налоговую, и т.п.
возможно, в НПЮЛ придётся для этого ввести ОП. посмотри повнимательней справочники, настройки