В УТ чтобы себестоимость нормально расчиталась нужно сделать проведение по партиям.
В БП что нужно сделать что бы рассчитался счет 99(прибыль)? Перепровести документы?

перепроведение никогда лишним не бывает...
ну и про закрытие месяца не забываем