Есть ли возможность указать непосредственного руководителя сотрудника? Ведь не обязательно руководитель подразделения будет им и являться?

Свойства и категории... (В данном случае свойство)

(0) в аждом элементе справочника "подразделения" есть возможность указать его руководителя.

(2) Тему не читай - сразу отвечай?

выходит, что да). Тогда (1) согласен.

А почему руководитель подразделения может не быть руководителем сотрудника?

(5) "непосредственного". а у руководителя может быть кучка замов , которым этот чел непосредственно подчиняется