Суть такая... есть конфа на поддержке с возможностью изменений, с кучей этих самых изменений. Есть обновление, выпущенное 1С для типовой конфы, также с кучей изменений.
Есть желание обновить в два приема, например сразу те объекты которые не менялись, а потом еще раз сказать поддержка, указать тот же самый файл *.cfu, и уже более внимательно те объекты которые менялись как 1С так и мной.

Но после первого обновления, даже если я снимаю галку с корня конфы, я вижу, что версия конфы поменялась (то есть корень обновился), и второй раз указав тот же самый файл обновления я получаю сообщение, что мол файл не содержит доступных обновлений...

Может я конечно что-то уже крупно пропускаю на ночь глядя, и завтра с утра сам пойму где лажал, но может у кого и так взгляд посвежее, буду благодарен его идеям.