1С 8.2 ЗУП 2.5.40.3
В организации был филиал, не имеющий статуса отдельного юридического лица, но имевший отдельный баланс. В 1С ЗУП филиалы и головная организция были заведены как отдельные организации. С 1 октября филиал более не имеет отдельного балланса, хоть и является обособленным подразделением, а значит в 1С ЗУП будет подразделением головной организации. Как организовать кадровый учет сотрудников? Ведь если их уволить из организации филиала и принять в головную организацию, то 1С им автоматически начислит компенсацию отпуска, да и с налогами будут проблемы. Посоветуйте решение этой проблемы.

Интересный вопрос. Я считаю, его следует направить на электронный адрес службы поддержки 1С.
Они дадут разъяснение, как это реализовано в 1С.

Не факт, что результат обрадует, но попытаться стоит.

(0) а как это оформляется фактически, как реорганизация предприятия с увольнением или нет?

Уже разобралась. Изначально был неправильно произведена процедура приема на работу. Не была указана головная организация для организаций филиалов. Поэтому филиалы не являлись обособленными подразделениями.
Пришлось обработкой заменить значение организация для сотрудников филиала и все стало ок!