ЗП ведется во внешней программе, загружается типовым образом - в операции, сводно по всем сотрудникам.
Как сделать, чтобы НДФЛ попадал в книгу доходов-расходов?

Правильно загружать, вестимо.

(0)А он не попадает, когда вы его платите?

Что НДФЛ делает в этой книге? Это же налог на физических лиц, а не на организацию

(3) учитывается обособленно в момент перечисления