Где лучше заполнять реквизиты док-та по умолчанию (Организация, Склад, ....)?
Значения по умолчанию хранятся в ХранилищеОбщихНастроек.

Смотрел типовую УТ 11, там заполнение по умолчанию реализовано криво: для организации берется первый элемент справочника, а хотелось для каждого пользователя задавать свою организацию по умолчанию, как это сделано во всех типовых, написанных не на управляемых формах.

(0) Нет никаких значений по умолчанию

Регистр сведений imho лучше. Как в УТ 10.3.

(2) Как я понимаю, ХранилищеОбщихНастроек, добавлено в 8.2 как раз для того чтобы уйти от использования рег-ра сведений и ПВХ для хранения настроек пользователя.