Подскажите, пожалуйста, может есть какая-то настройка в ЗУПе, чтобы в этот отчёт попадали данные не только с расчётных документов (например, оплата по среднему), но и с кадровых (командировки организации).

Или подскажите, откуда вообще данные попадают в этот отчёт, ибо запрос там довольно большой. В консоли запросов пробовал погонять его, но не знаю, как туда таблицу значений передать.

Может сегодня кто подскажет?

нет настройки. насчет запроса - получи текст в отладчике и скопируй в консоль.

(0) Данные с кадровых документов так же попадают, например "Неявки и болезни организаций".

читаем стр 128 книжки по ЗУП

Кадровые данные - графики и невыходы - замещаются расчетными (РР.ОсновныеНачисленияОрганизаций по факт. периоду), причем зарегистрированные в периоде табеля. Это как я понимаю, не шибко глубоко копал.

Есть видео http://videozup.ru/zup/hrm/vliyanie-na-tabel.html, обещает ещё =)