Получается фсё.
Не идет только одно: номер присваивает платежкам свой, а не тот, который был в клиент-банке.
Т.е.
в файле обмена от клиент-банка:
СекцияДокумент=Платежное поручение
Номер=28
Дата=12.09.2011
Сумма=0.19
ПлательщикСчет=40703810435084000024
ДатаСписано=13.09.2011

а в загруженной платежке - номер 1.
Как исправить?
Релиз 1.0.7

В париметрах загрузки указано по поводу присвоения номера
ПроизвольныеПараметры.Вставить("НомерДок", СокрЛП(Значение));

Ну значит смотрим при записи документа.