Есть УТ 10.3 и БП 2.0. в УТ все отгрузки и приходы, в БП все кассовые п банковские доки. В УТ исходящие платежки разбиваются по заказам поставщика. В БП в списании с расчетного счета какой реквизит надо заполнить, чтобы при перегрузке в УТ заказ поставщика был заполнен?

Типовыми правилами хочешь? Тогда, мне кажется, никак. Если только самому правила подсправить...

(1) то есть для заказ покупателя в поступлении денег на расчетный счет можно указать, а в списании денег с расчетного счета заказ поставщику указать нельзя?

Открой в КД правила и посмотри там, можно или нет...

(3) Здесь дело в правилах, а в том что реквизита соотвествующего нет в табличной части "РасшифровкаПлатежа"

Проще и логичнее загружать в УТ, а затем переносить вместе с остальными торг операциями.

(5) выгружать выписки и приходники в УТ, а оттуда грузить в БП?

(6) Угу. В УТ все будет получаться с достаточной детализацией практически автоматом(на основании и т. д.).
Вообще, при переносе УТ - БП данные агрегируются(сворачиваются). Значит, перенос "против шерсти" будет гемором, причем ежедневным.