Есть справочник, Статья затрат. У него есть реквизит - СтатьяЗатратБУ. Это ссылка на элемент справочника того же типа. при выгрузке данных подменять статью затрат, статьей затрат БУ, а если ее нет то не выгружать элемент. Как это сделать?

Напиши свою обработку, исправь то что имеешь :)

Заменять элементы надо не при выгрузке, а при загрузке.

В ПВД, перед выгрузкой

Если НЕ ЗначениеЗаполнено(Объект.СтатьяЗатратБУ) Тогда
   Отказ = Истина;
Иначе
   Объект = Объект.СтатьяЗатратБУ;
КонецЕсли;    

Говорит что объект не может быть изменен.

(2) В каком событии?

смотри обработчики ПриЗагрузке ПослеЗагрузки, работай  переменной Объект. Гдето в них можно написать отказ=истина

+(3) хотя  в доке

Объект - Произвольный. Выгружаемый объект. Может быть переопределен или назначен непосредственно в обработчике.

(4) это в ПВО?

(6)Это  в ПКО