Бывают ситуации когда надо сделать отчет с реквизитами которые не попадают в регистры а принадлежат самому документу. Знаю что по документам запросы строить некошерно
Как в это случае правильнее и оптимальнее сделать?
- Взять регистр движений и сделать соединение по регистратору с документами
- Просто запрос по проведенным документам

(Особенно волнует когда надо объединить данные документов нескольких видов)

лучше первый вариант, потому что тогда левым соединением возьмутся только данные из регистра и подцепятся необходимые документы.

а если нужные данные находятся в реквизите реквизита договора документа :)

я слышал что разыменование в запросе через две-три точки тоже не айс

Так в чем проблема?
Реализуешь оба варианта в усеченной форме.
Запускаешь замер произв-ти и принимаешь решение.