Или с этим можно как-то побороться? Может кто знает...

(0) у всех попадет и бороться с этим не стоит

(1) не правда ваша - у меня тоже не попадает - правим руками

Судя по тому, что выдает поиск в нете и вижу я сам на своей базе далеко у всех...

(2)
(3)
неудачники

(4) Значит ты один стал всеми?

(0) только что проверил, всё попадает в книгу покупок и соответственно в декларацию
какие регистры задействованы у тебя?
и какие операции делаешь?
у меня тупо галочка на закладке "сч-ф" в возврате всё сделала

(6) возврат поставщику без дока основания, стоит галка "поставщику предъявляется с/ф на возврат", из возврата делается с/ф выданная. Все это попадает в книгу продаж, в анализ ндс, но не попадает в декларацию. Учет ндс - упрощенный

(7) я понял, да, косяк есть
я предлагаю использовать для этой операции документ "Отражение начисления НДС" со ссылкой на "возврат". Проверил у себя - попало в декларацию.

соответственно, нужно, чтобы возврат не делал записей в книгу продаж, а чтобы их делал "Отражение"

Какому-то гению в 1С пришло в голову поставить в запросе по остаткам регистра >0 а не <>0.
Поэтому остатки с минусом не попадают.

(10) разрабы те еще приколисты

(9)(10) Да, пришлось делать через "отражение...", просто этот косяк уже не первый релиз наблюдается :-( , вот и интересно - когда же поправят...

Это не не первый релиз, а вечная проблема. в 1.6 спустя годя исправили. в 2.0 начинай сначала. на топик в партнерской не ответили совсем.
Собсно эта фича (иначе не назовешь) наблюдается во всех конфигурациях.