Был релиз 2.5.51.1 обновились на 2.5.52.3.
Перестали считаться страховые взносы на один вид расчета.
Вид расчета свой...
В Вид дохода естественно стоит "Доходы, целиком облагаемые страховыми взносами"...

Не могу понять чего они там поменяли, что с него перестали считаться страховые взносы....

Релизы 52.х отличались большой кривизной,посмотри в описании ошибок к релизу,может и твоя ситуация там указана.
И поставь релиз 53.

Нет в 53 так же....

НАШЕЛ!

При обновлении он там долго чего-то обрабатывал.... в этом я и заподозрил неладное.....
В этом моем виде расчета зачем-то реквизит ВариантОбработкиЗаписиПриОтраженииВРеглУчете выставлен в "Не обрабатывать"...решается перепроведением.....но прийдется наверно с начала года все виды расчета обрабатывать....

(2)Посмотри на сайте поддержки 1с. По моему они выкладывали обработку по восстановлению этого реквизита.