Передаются ли пользователи из справочника Пользователи при обмене? Такое чувство что в одной из 7 периферийных баз пользователь обмен помечен на удаление и после обновления он удаляется.

раз такое ощущение, то передаются
посмотри настройки состава плана обмена

2(0)это вопрос тем у кого их магичный шар работает и по выходным?

Это как прикажете.
А если приказать не соизволили и холпы в филиалах шалят - ....

(0)Зависит от настроек плана обмена. Пользователи БД не передаются.

Передайте мне симпотичную пользователю...

всё, что может передаваться, перечислено обычно в руководстве по установке риб.
читайте ртфм © ей-бо, незаслуженно забыта, валяется в желтой коробчонке :)