Упп 8.2
Можноли определенному пользователю, запретить формировать отчет ( например ВедомостьТоварыНаСкладах)на определенную организацию?

Да. Ограничение на уровне записей.

Только не отчет, а все данные по организации закрываются.

(2) что тоже подходит)

а не ограничится ли доступ и к документам таким образом?

(4) ограничится, что правильно1