Вот простейший код:

   СтрокаТЧ = ДокСсылка.Товары[0];
   Сообщить("индекс строки Ссылки до транзакции = " + ДокСсылка.Товары.Индекс(СтрокаТЧ));
   НачатьТранзакцию();
   Сообщить("индекс строки Ссылки в транзакции = " + ДокСсылка.Товары.Индекс(СтрокаТЧ));

Результат:
индекс строки Ссылки до транзакции = 0
индекс строки Ссылки в транзакции = -1

А если использовать ДокументОбъект, то результат одинаков.

Что за фича?

СтрокаТЧ = ДокСсылка.Товары[0];
   Сообщить("индекс строки Ссылки до транзакции = " + ДокСсылка.Товары.Индекс(СтрокаТЧ));

Так делать, вообще говоря, некорректно.
В первой и второй строке - объекты разные

(1) Чем ДокСсылка отличается от ДокСсылка?

(2) Ты начни с того, чем объек отличается от ссылки и что делает происходит при обращении через точку

Можно предположить, что в первом случае изза кеширования объекта строка нашлась, а во втором случае начало транзакции форсировало повтороное чтение объекта. Но не понимаю, зачем задаваться поведением системы на заведомо некорректных примерах?

(3) Где ты видешь ОБЪЕКТ?

(5) Твой уровень мне понятен. Я оставлю объяснение основ моем более терпеливым коллегам.

Понял наводку.
Если ДокСсылка.Товары запихнуть в переменную, то транзакция не влияет.

"Начало транзакции форсировало повтороное чтение объекта" - похоже.
Получается, он все кэшированные данные сбрасывает? Надо проверить.

(7) Я вообще не люблю что-либо через точку от ссылки читать, на самом деле. Предпочитаю явно ПолучитьОбъект() в переменную и ее использовать, либо запросом.
Извини за резкость :\
День тяжелый

Проверил.
При появлении новой транзакции идет повторное обращение к базе при чтении реквизитов ссылок.
Где-нибудь можно использовать.
Но т.к. не встречал этого в документации, не факт, что такое поведение будет всегда.

Вообще это логично, накладывается блокировка