(3) Ладно, не дождусь ответа. Так вот, по фразе "...формируем на основании счета покупателю (на основании заказа покупателю поля не заполняются)..." вы ведете по договору в целом. Реквизит "Сделка" в реализации при этом достаточно абстрактное и неопределенное понятие.
Если поменять на "ведение по заказам", тогда реализация будет заполняться по заказам
Если поменять на "ведение по счетам", тогда реализация будет в подчинении документу "Счет на оплату покупателю"