Мы в команде, которая включает программистов, проектных менеджеров и админов из разных стран используем  Jira: wiki:Atlassian_JIRA
Можно управлять проектами, отслеживать работу разработчиков и админов, можно организовать поддержку пользователей и багтреккинг. Во общем хорошая универсальная система. Ничего толкового на 1С я не встречал.

Какими системами управления задачами, проектами и helpDesk пользуетесь?

вот как-то так вот

(0)Хорошо вам. Но эти все системы рассчитаны на большой отдел, где есть люди которые за всем следят. Для фиски в одно лицо проще налабать на 1с систему под себя, включив туда дополнительные функции по администрированию системы, чес сейчас и занимаюсь долгими одинокими вечерами)))