ВЫБРАТЬ
   ЕСТЬNULL(ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0) КАК Остаток,
   ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура.Ссылка КАК Ссылка,
   ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура.МинимальныйОстаток КАК МинимальныйОстаток
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК спрНоменклатура
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(, Склад = &Склад) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
       ПО ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура = спрНоменклатура.Ссылка

СГРУППИРОВАТЬ ПО
   ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток,
   ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура.Ссылка,
   ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура.МинимальныйОстаток

почему-то колонка Остаток пустая

Не верь глазам своим. Там нуль.

поставь ЕСТЬNULL(..., "0")
должно быть видно

А нафига группировка по остатку? В этом запросе, по ходу, вообще никакая группировка не нужна.
И как-то глупо выводить номенклатуру из таблицы, которая слева цепляется.

А почему в выбрать номенклатура выбирается из таблицы остатков? Нужно из справочника.

(4) А, простите, уже было :)

(4) группировки да, согласен, а зацеп слева очень даже логичен, если вывести надо когда остатка нет

(+2) +1

(4)(5) а... ыыы