Недавно стояла такая же задача. Что сделали.
1. Загрузили чистую конфигурацию.
2. Обновили.
3. Вернули доработки.
4. Переносом дополнили данные из не обновленной конфигурации.
Если все будет грамотно, то будет успешно.
Компьютер — устройство, разработанное для ускорения и автоматизации человеческих ошибок.