Погуглив, понял что тема довольно избитая, глюк известный, но пока удалось только победить глюк с той проблемой что вообще файл настроек не создавался. Сейчас в ланчере могу указать путь к шаблонам, но проблема в то что 1Сина тупо не видит шаблоны.
Сейчас видит только почему то старый шаблон
http://gyazo.com/0575982e6f20178e1fbb399b2d3b3105

хотя в настройках указан путь
D:\Base_1C_v8\КаталогиШаблоновКонфигураций\tmplts\1c
http://gyazo.com/4d00e45bc83a07c83da44b58e064e858


По указанному пути точно лежат шаблоны конфигураций последней бухии типовой.
http://gyazo.com/34fbf74fdd6a6f64270c6409f292aafd


Куда еще рыть блин, я КД2 из за этого обновить не могу.

К конвертацией помогло скачать полный файл установки конфигурации с ИТС, поставить его, тогда при создании новой базы увидело шаблон, ну и старую КД2 удалось после этого обновить из шаблона.