есть регистр КадроваяИсторияСотрудника, он прикрыть ФО (она выключена), делаю динамический список с произвольным запросом, но в динамическом списке всего 3 клонки из справочника....

запрос вот

ВЫБРАТЬ
   Сотрудники.Ссылка,
   Сотрудники.ФизическоеЛицо,
   КадроваяИсторияСотрудников.Организация,
   КадроваяИсторияСотрудников.Подразделение,
   КадроваяИсторияСотрудников.ВидСобытия,
   КадроваяИсторияСотрудников.Должность,
   КадроваяИсторияСотрудников.ВидЗанятости
ИЗ
   РегистрСведений.КадроваяИсторияСотрудников КАК КадроваяИсторияСотрудников
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Сотрудники КАК Сотрудники
       ПО КадроваяИсторияСотрудников.Сотрудник = Сотрудники.Ссылка

Если ФО отключена, предполагается что регистр вообще не используется. Если всё-таки нужен, надо пересмотреть архитектуру.