вот так будет работать правильно ?
БИ.ВключатьСубсчета(1);
БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.МестаХранения,Склад,2);
БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Номенклатура,Товар,2);
БИ.ВыполнитьЗапрос(ТекущийДокумент(),ТекущийДокумент),
Кол = БИ.СКД("К");
Сум = БИ.СКД("С");    
БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,Контрагент,2);
БИ.ВыполнитьЗапрос(ТекущийДокумент(),ТекущийДокумент), СчетКредита,,,,,5);
Кол2 = БИ.СКД("К");
Сум2 = БИ.СКД("С");    
   
т.е. сохраняются установки ИспользоватьСубконто с предыдущего ВыполнитьЗапрос ?

нет, не сохранятся.
Тебе лень одну строчку написать?

не лень, принцип интересен

БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.МестаХранения,Склад,2);
БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Номенклатура,Товар,2);
БИ.ВыполнитьЗапрос(ТекущийДокумент(),ТекущийДокумент),
Кол = БИ.СКД("К");
Сум = БИ.СКД("С");  


ваще бред

там не суть важно (хвост строки потерялся)

БИ.ВыполнитьЗапрос и фсйо на этом