ФизЛицо = СоздатьОбъект("Справочник.Контрагенты");
ФизЛицо.НайтиПоРеквизиту("ИНН", ИНН, 0);
ФизЛицо.ОсновнойДоговор = Договор.ТекущийЭлемент(); //здесь еще элемент ФизЛицо есть
ФизЛицо.Записать(); //здесь ФизЛицо уже равно Неопределено

не помню что-то такого поведения функции, как обратно ссылку вернуть? снова искать ее? с другими справочниками так не происходит..

Всегда делал - если не нашёл, создал новый, записал. Потом манипуляции с ТекущийЭлемент().
Никогда с подобным не сталкивался.

(1) это понятно, я код здесь весь не показываю. если нашел, то почему слетает после записи?

где есть еще один ФизЛицо

(3) ?

(0) Да, так и должно быть, сбивается позиционирование из-за
НайтиПоРеквизиту..
баян

было такое.

в 7 неопределено?

(7) теряется позиционирование на объекте после записать, если объект найден по реквизиту

(7) пустое значение. просто написал так по привычке
(8) спс. по-моему, даже нарывался когда-то, но просто не помнится никак, редко такие вещи требуются.