Как связать 2 документа с условием что бы не отбирались помеченные на удаление, т.е.
|ИЗ
|    Документ.ГрузовойОрдер.Контейнер КАК ГрузовойОрдерКонтейнер
|        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.СчетНаОплатуПокупателю КАК СчетНаОплатуПокупателю
|        ПО ГрузовойОрдерКонтейнер.Ссылка.СсылкаДокСчет = СчетНаОплатуПокупателю.Ссылка

надо выбрать все связки где СчетНаОплатуПокупателю не помечен на удаление.

ИЗ
|    Документ.ГрузовойОрдер.Контейнер КАК ГрузовойОрдерКонтейнер
|        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.СчетНаОплатуПокупателю КАК СчетНаОплатуПокупателю
|        ПО ГрузовойОрдерКонтейнер.Ссылка.СсылкаДокСчет = СчетНаОплатуПокупателю.Ссылка и (НЕ СчетНаОплатуПокупателю.Ссылка.ПометкаУдаления)

в ГДЕ пиши

(1) спс.