Придётся выгребать все записи из регистров, а только потом отбор на организацию накладывается.
Лучше явным образом указать Организацию как параметр?

нет

Отбор в СКД, накладывается до выполнения запроса. Главное не забыть добавить отборы в условия временных таблиц регистров.

Спасибо!
(2) Судя по запросам из коробки, даже этого не надо..