Принцип такой - если доступна только одна касса, или одна организация, или один склад, то подставляется именно это значение.
Если доступно несколько касс/организаций, то подставляться автоматом начинает с 3-го введенного пользователем документа, по статистике пользовательского выбора (по-моему с 3-го).
Зависимые реквизиты (налогообложение, в частности) заполняются по выбранной организации/складу/кассе автоматом.
(1) спасибо, вот в этом и странность, что реквизиты сами не подставляются. Документов оформлено уже больше 3-х, но они все оформлены через Помощник продаж, может быть в этом дело.