При импорте в документе Поступление ТиУ указывается ставка НДС "Без НДС".
При этом выполняется приход по РН "НДС предъявленный".

Возник вопрос, а каким документом закрывать регистр по этим приходам?

Документ "Формирование книги покупок", который делает расход по регистру, заполняет данными только по суммам, где указана ставка НДС.