Сделал запрос к бух. итогам с группировкой по дням:
    Ит.ВыполнитьЗапрос(ВыбНачПериода, ВыбКонПериода, "МЕД",,, 1, "День", "СК");
Как сделать внутри группировки по дням группировку по регистратору-документу?

В этом запросе группировка по дням:
    Ит.ВыбратьПериоды();
    Пока Ит.ПолучитьПериод() = 1 Цикл
        Таб.ВывестиСекцию("Период");

Как внутри этой группировки по дням сделать группировку по документам?

(0)
Никак

Делай сразу периодичность Операция. а при обходе периода обрабатывай изменение даты

(2) тогда не получится считать итоги за период "День" - программа будет показывать сальдо и обороты только по текущей операции.

(3)На первой операции в дне будет сальдо на начало, на последней - на конец.

(4) а общий оборот за день (приход, расход) как узнать?

(5)Сложением, не? Можно ТЗ заполнить и свернуть по дате. А можно и прямым запросом сразу с группировкой и по дате и по документу.

(6) а как сделать прямым запросом сразу с группировкой и по дате и по документу?

(7)Придется освоить определенный объем теории.
https://www.google.com.ua/search?q=бухитоги+прямой+запрос&btnG=Поиск&client=opera&rls=ru&oe=utf-8&channel=suggest

(7) Синтаксис: $БИОстаткиОбороты.<ИмяПланаСчетов>(НачалоПериода, КонецПериода,  Периодичность, МетодДополнения, Счет, Субконто, Ресурсы, Условие, Соединения)

В первом посте архив. Там есть документация. http://www.1cpp.ru/forum/YaBB.pl?num=1273512019

Как вариант тут запрос на получение остатков. Свежий. Работает. Как правильно получить значение в запросе