Можно ли как-нибудь объединить выгруженные документы в 1 документ при помощи конфигурации Конвертация данных? Например: 10 документов РеализацияТоваровУслуг(5 док. со складом1, 5- со складом2) загрузить в 2 документа по 5шт РеализацияТоваровУслуг с разными складами. Грубо говоря перед загрузкой документов, сгруппировать их по некоторым реквизитам, а табличные части сложить.

в ПВД можно всё

(0) Можно. Для этого она и предназначена.

Можно небольшой примерчик как это сделать?

(3) Если Вы не пользовались конвертацией данных, то нанять программиста.
Общую идею Вам рассказали в (1). В ПВД сгруппировать по нужным реквизитам.