Обмен идет документами. У документов есть реквизиты типа контрагенты.
Выгружаются только документы. У документов и Контрагентов есть отдельные ПКО где прописаны условия после загрузки.
Для документов они отрабатываются, для контрагентов нет.
Кратко если, то в условие отказ от загрузки в обработчике после загрузки. В итоге документы не загружаются, а контрагенты загружаются.
Прошелся отладчиком по универсальной загрузке выгрузке xml. Нигде нет вызова обработчика После загрузки для свойств.
Как сделать, чтобы ПКО свойств документа отрабатывало обработчик после загрузки.

Пример отказа от загрузки контра

(1)
Если не Объект.ЭтоГруппа Тогда
    Если не Объект.ЭтоОбщийДляВсехФилиалов Тогда
    
        Запросы.ЗапросПоФилиалу.УстановитьПараметр("КодФилиала", Объект.Организация.Код);

        Выборка = Запросы.ЗапросПоФилиалу.Выполнить().Выбрать();

        Если Выборка.Количество() = 0 Тогда
            Отказ = Истина;
        КонецЕсли;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

(1) Это для документа
Запросы.ЗапросПоФилиалу.УстановитьПараметр("КодФилиала", Объект.ФилиалПолучателя.Код);

Выборка = Запросы.ЗапросПоФилиалу.Выполнить().Выбрать();
Если Выборка.Количество() = 0 Тогда
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;

on-line обмен (БСП)? контрагенты выгружаются по ссылкам? есть правила регистрации?

(4)
обмен через файлы. контрагенты ищутся по ссылкам.

on-line обмен тоже возможен через файл. Какие конфигурации обмениваются? Попробуй в ПКО документа в ПКС контрагенты прописать в обработчик ПередВыгрузкой такой код:
ВыгрузитьОбъект = Истина;

Добавил в выгрузку Контрагентов принудительно. Прописал их в правиле выгрузке данных и теми же правилами, что указаны в (0)  сделал выгрузку и загрузку. Загрузился только договор, контрагент не загрузился. Из чего делаю вывод, что при конвертации свойств обработчик после загрузки для используемого объекта свойства не отрабатывает.