СписокСчетовОстаткиПоСкладам = Новый СписокЗначений;
    СписокСчетовОстаткиПоСкладам.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.СырьеИМатериалы);
    
    
    Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
                   |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 КАК Номенклатура,
                   |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 КАК Склад,
                   |    ХозрасчетныйОстатки.Счет,
                   |    ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокДт КАК Сумма,
                   |    ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстатокДт КАК Количество
                   |ИЗ
                   |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&ПарКонецПериода, Счет В (&ПарСписокСчетов), , ) КАК ХозрасчетныйОстатки
                   |ГДЕ
                   |    ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокДт > 0
                   |    И ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстатокДт > 0";
                  
    Запрос.УстановитьПараметр("ПарСписокСчетов", СписокСчетовОстаткиПоСкладам);
    Запрос.УстановитьПараметр("ПарКонецПериода", КонецПериода);

Ошибка в запросе или нужно делать пересчет итогов - перепроведение?

Твой запрос показывает остатки на НАЧАЛО КонецПериода

(1) да КонецДня(КонецПериода) все исправил!

Запрос.УстановитьПараметр("ПарКонецПериода", КонецПериода);

учитывай что это исключая движения в 23.59.59 если были

проблема в параметрах и условиях

(2)
Врядли. Разве что в последнюю секунду движений не было

(0)[Ошибка в запросе ]
в ДНК

Новый Граница?

А количество без суммы бывает? Или наоборот?

А по складам суммовой учет ведется?