Понимаю звучит тупо, впервые приходится такое реализовывать.

Подскажите как в КД указать отбор по конкретному основному родителю? Грубо говоря папка Продукция со всеми вложенными в нее папками и элементами справочника.

в ПКО ПередВыгрузкой
Если НЕ Источник.ПринадлежитЭлементу(Папка) Тогда
   Отказ=Истина;
КонецЕсли;

(0)(1) Я бы в ПВД вместо стандартной выборки сделал выборку запросом элементов.

(2)Можно и так. Путей решения много.

(1) Сейчас попробую.
(2) Про запрос через ПВД и не додумал даже)) действительно если (1) не смогу реализовать попробую это

Спасибо всем огромное!