Всем добра!
Излагаю суть! При переносе все четко! Обмен прошел удачно, все что нужно перенес. Но. Если переношу ещё одну организацию из другой базы! То бух просто затирает одну организацию другой и удаляет все предыдущие перенесенные документы!
Как перенести в одну базу две организации?!

Поиск смотри по каким полям идет. И добавляй какую-нить буковку в качестве префикса когда вторую грузишь. Чтобы не нашло и не потерло

(0) В твоем случае в документах синхронизация идет по номеру, а справочники по коду.
Во второй торговле префикс задай для документов и справочников.
Ну и существующие доки и элементы справочника перенумеруй.

+2 Но лучше сделать две отдельные БП.
Т.к. возникнут моменты задвоения контрагентов и номенклатуры.