в скд есть 2 набора данных. Добавил вычисляемое поле, которое рассчитывается так:
Поле2 (из набора2) минус Поле1 (из Набора1)
Но разница считается неправильно. В чем может быть причина?

в твоём понимании неправильности, разумеется

пробовал создавать это поле и в пользовательском режиме, и в конфигураторе. Рассчитывает одинаково неправильно.

Подскажите, может что-то неправильно указано?

гадкая, негодная СКД

(0) скорее всего где-то в наборе нулл вот и нифига
Пробуй так:
IsNull(набор2.поле2, 0) - IsNull(набор1.поле1, 0)