Может ли регламентное задание SQL сервера (например, перестроение индекса) вызывать конфликт блокировок при выполнении транзакции?

разумеется может

да

ок, спасибо

(3) не ты случайно интерфейс управляемого приложения нарисовал?

Да, и вызовет.

перестроение по ночам делают обычно, в течении раб дня - дефрагментацию индексов можно

(6) Они наверное последовательность тоже в течение дня восстанавливают