Подозрительно часто и много висят такие процессы 1C и занимают 20-30 мб в диспетчере задач.
Будто есть проблема с закртием клиентского окна.
Можно ли как-то посмотреть, что сейчас делает такая клиентское приложение?

Нужно подключиться через службу к экрану, на котором она работает и послать PrintScreen окну программы, чтобы записать его в файл.