Заказ создан в валюте, расчеты идут в у.е., реализция происходит в рублях. В результате при создании на основании заказа покупателю реализация заполняется резервом и свободным остатком. Проводим реализацию. Далее пришел еще товар, необходима еще одна реализация на неотгруженный товар по заказу, и вот тут неприятность, в реализацию снова попадает уже отгруженный товар по этому заказу из свободного остатка. Как от этого избавиться?

Проверьте по РН "ЗаказыПокупателей" как РТиУ списывает: может быть перекос по ценам.

Вот именно по ним и есть, заказ то в евро, а реализация в рублях.

(2) А зачем Вам РТиУ в рублях?

Я надеюсь это риторический вопрос?))
мне он ваще не нужен, хочу понять это только из-за разницы в ценах или еще что-то есть?

Посмотрите запрос к остаткам РН ЗаказыПокупателей при заполнении на основании и движения РТиУ при проведении.

Там две части запроса, первая делает временную таблицу с остатками по заказу, далее к ней левым соединением присоединяют остальные остатки (по резервам, остаткам на складе и т.д.). Вот если заказ в евро и реализация в евро, то благополучно РН ЗаказыПокупалей закрывается и соответственно в результате общий результат запроса пустой, если заказ в евро, а релизация в рублях, то первый запрос возвращает остатки и тогда продолжаем отгружать видимо до тех пор пока не отгрузим либо весь товар, либо по той же цене, как я понимаю