Программно создаю документ реализации. Записываю с проведением. Затем для некоторых документов программно отменяю проведение с помошью

ДокРеализации.Записать(РежимЗаписиДокумента.ОтменаПроведения);

Документ становится непроведенным, но его движения остаются в регистре бухгалтерии. Подскажите как их оттуда удалить

в документе поидее должно быть "Удалять движения при отмене проведения", если этого нет, то всё программно

Очевидно, записывать пустые наборы в обработке удаления проведения.
"Удалять движения при отмене проведения" - некошерно в новой методологии проведения, т.к. чистит и при перепроведениях тоже, что плохо сказывается на блокировках.

у документа получаем набор движений РегистрБухгалтерииНаборЗаписей.ИмяРегистра метод Очистить()

(2) разве?

Для каждого Набор из ДокРеализации.Движения Цикл
   Набор.Записать();
КонецДля

(4) Попутал с "Удалять автоматически". Забыл, что в 8.2 добавили новый режим.

(6) Как раз для того и добавили, чтоб при перепроведении не писался пустой набор и ненадо было в отмене проведения описывать очистку.