Проводим документ заходим в Отчеты Партии товаров на складах и там стоит количество конечный остаток и стоимость с минусом, путем гугливания, нашел что движения с минусом делает именно документ 1С Возврат, что это сторно РТиУ, может кто нибудь повнятнее объяснить или ткнуть чего читать, чтоб понять почему с минусом, спасибо

Точно конечный остаток? Или Приход расход с минусом?

Кароче твоя задача почаще запускать с проведение по партиям и все.